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新型冠狀病毒核酸檢測陽性，是確診新型冠狀病毒肺炎的金標準。新型冠狀病毒肺炎核酸檢測時有時會受到檢測試劑以及標本的采集影響，會出現假陰性，所以標本采集時一定要規(guī)范的采集，采集之后應該盡快送檢。
另外，下呼吸道的分泌物陽性率更高，所以也可以進行痰液的核酸檢測，痰液的核酸檢測陽性率要高于咽拭子，也高于鼻咽拭子。如果高度可疑似時，一次陰性不能排除新型冠狀病毒肺炎，可以反復檢測，必要時可以進行新型冠狀病毒肺炎特異性抗體IgM和IgG的檢測，來輔助診斷。反復進行核酸檢測時，每次核酸檢測應該間隔24h以上。