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大部分腦血栓是不會遺傳的，少部分腦血栓是有遺傳相關性的，比如腦梗死的單基因遺傳病，伴皮質下梗死和白質腦病的常染色體顯性遺傳性腦動脈病，以及伴皮質下梗死和白質腦病的常染色體隱性遺傳性腦動脈病。
一些其它的遺傳因素也與腦梗死的發(fā)生有關，比如鐮狀細胞貧血、法布里病、遺傳性膠原蛋白病、高同型半胱氨酸血癥等等。
另外一些原因導致的凝血功能障礙，也有一定的遺傳傾向，比如遺傳性的蛋白C、蛋白S缺乏、抗凝血酶3缺乏、凝血因子5的基因突變、真性紅細胞增多癥、纖維蛋白原病等等。
其他的遺傳性的因素也可能與腦血栓相關，比如線粒體腦疾病等等。