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人體免疫系統(tǒng)接觸體外某種抗原物質后，就會產生記憶效應，也就是會產生相應的抗體。正常人出生后沒有接觸乙肝e抗原，機體通常不會產生乙肝e抗體，故健康人的乙肝e抗體陰性完全正常。
乙肝病毒主要含有三種抗原物質，即乙肝表面抗原、乙肝e抗原和乙肝核心抗原。只有活的乙肝病毒進入人體，人體免疫系統(tǒng)才會相應的產生乙肝表面抗體、乙肝e抗體和乙肝核心抗體。以上三種抗體中，只有乙肝表面抗體是一種中和性抗體，只有它才能中和掉侵入機體的乙肝病毒。所以，只有表面抗體才是保護性抗體。
接種乙肝疫苗的目的就是為了刺激機體產生保護性抗體，達到預防乙肝感染的目的。值得注意的是，乙肝病毒感染者乙肝e抗體也可以陰性，這種情況則不是正常現象，是乙肝病毒正在體內復制或在大量復制。所以，分析乙肝e抗體陰性是否正常，還要結合乙肝五項其他結果。