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先天性心臟病是有一定的遺傳傾向的，一部分先心病是由于單基因遺傳傾向，或者染色體畸變導致的，比如肺動脈狹窄、一部分室間隔缺損等，患先心病父母其子女再次患先天性心臟病的比例要高于一般人群。但是不是所有的先天性心臟病都會遺傳，還有很多先心病是遺傳因素和環(huán)境因素共同導致的，某些先心病患者父母并不會遺傳給子女。
另外還有一些先心病的原因，是由于母親懷孕期間受到農(nóng)藥、殺蟲劑等影響，以及空氣污染、放射因素，或者母親患有甲亢等基礎疾病，或者懷孕期間口服抗癲癇藥物，或者其它導致胎兒畸形的藥物，但這些因素導致先天性心臟病并不會遺傳給子女。