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腎結石形成的因素非常復雜，其中確實包括遺傳因素。通常常見的代謝因素，包括高鈣血癥、高鈣尿癥、高草酸尿癥、高尿酸尿癥、胱氨酸尿癥、低枸櫞酸尿癥、低鎂尿癥等。
還有一些與遺傳相關的疾病，也容易導致腎結石，比如甲狀腺旁腺功能亢進癥、結節(jié)病、惡性腫瘤、皮質醇癥、制動綜合征、遠端腎小管酸中毒、焦磷酸-磷酸核糖合成酶亢進、焦磷酸-磷酸核糖酰胺轉移酶缺乏、次黃嘌呤-鳥嘌呤磷酸核糖基轉移酶缺乏，以及海綿腎畸形、腎鈣質沉積癥、肉芽腫病、腎小管酸中毒等，以上這些遺傳病也時常容易導致腎結石。