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皰疹性咽炎的主要病因是病毒感染，主要的病原體為柯薩奇病毒，病毒通過消化道或者呼吸道侵入身體引起疾病的發(fā)生。
病毒主要通過鼻腔、咽腔、口腔侵入呼吸道以及消化道局部黏膜，在黏膜上皮以及咽部或者腸道淋巴組織停留并且復(fù)制，然后釋放入血液，引起相應(yīng)組織和器官發(fā)生一系列炎癥反應(yīng)。
誘發(fā)因素里有免疫力低下，嬰幼兒非常容易受病毒感染，引發(fā)疾病，接觸到病毒污染的手、物品與隱性感染者密切接觸，也可以引起感染。