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導致間質瘤的具體病因現在還沒有完全搞清楚，目前認為是由內因和外因共同作用才導致間質瘤發(fā)生，常見原因如下：
1、外因：最常見的是環(huán)境因素，主要考慮飲食不良的因素會誘導間質瘤發(fā)病率升高，比如像腌制、熏烤的食物，比如熏腌和霉變的食物，都有可能會增加間質瘤發(fā)生的危險性，尤其是熏制、燒烤類的食物，是在飲食環(huán)境中誘發(fā)間質瘤產生的相關因素。
2、內因：如遺傳因素，就是患者的直系家屬中間若有胃腸間質瘤，后代的發(fā)病率比一般人要高。
不管是內因也好，還是外因也好，最終可導致相關正常組織產生分子遺傳學的突變，最常見的是C-kit基因或PDGFRA基因兩種情況的突變。除此之外，像BRAF基因在內因、外因的情況下突變以后，都有可能會出現胃腸間質瘤，以上是目前的相關研究，后續(xù)可能還有新的致病因素能夠再被發(fā)現。