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核磁共振檢查對軟組織的分辨率比較高，所以檢查范圍比較廣泛，可以用于檢查頭部的疾病，比如判斷頭部是否有炎癥、腫瘤、膿腫、寄生蟲病，也可以判斷是否有腦梗塞或者腦出血，以及其他的腦血管病病人。
在做乳腺的核磁共振檢查時，可以判斷乳腺的占位性病變，也可以做腹部的核磁共振檢查，比如肝臟、