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傷寒患者的病變位置主要集中在回腸下段，未被胃酸殺滅的部分傷寒沙門菌到達(dá)回腸下段，穿過(guò)黏膜上皮屏障侵入回腸集合淋巴結(jié)的單核巨噬細(xì)胞內(nèi)，繁殖形成初發(fā)病灶進(jìn)一步侵犯腸系膜淋巴結(jié)，經(jīng)導(dǎo)管進(jìn)入血液循環(huán)形成第一次菌血癥。此時(shí)臨床上處于潛伏期，傷寒沙門菌被單核巨噬細(xì)胞系統(tǒng)吞噬，繁殖后再次進(jìn)入血液循環(huán)形成第二次菌血癥。
傷寒桿菌向肝、脾、膽、骨髓、腎和皮膚等器官組織播散，腸壁淋巴結(jié)出現(xiàn)髓樣腫脹、增生、壞死，臨床上處于初期和極期。在膽道系統(tǒng)內(nèi)大量繁殖的傷寒沙門菌隨膽汁排到腸道，一部分隨糞便排出體外，另一部分經(jīng)腸道黏膜再次侵入腸壁淋巴結(jié)，使原先致敏的淋巴組織發(fā)生更嚴(yán)重的炎癥反應(yīng)，從而引起潰瘍形成。