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細菌性腸炎的患者主要是給予抗感染治療，常見的細菌感染有沙門氏菌、志賀菌、彎曲菌、大腸埃希菌、痢疾桿菌、副溶血弧菌等。兒童細菌性腸炎比較常見的是沙門菌、彎曲菌、大腸埃希菌，成年人常見的致病菌是痢疾桿菌、沙門氏菌。
通常感染以后會給予諾氟沙星、紅霉素、慶大霉素等藥物，