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支原體感染的潛伏期較長，一般潛伏為2-3周。支原體在泌尿生殖道存在定植現(xiàn)象，人群中存在相當數量的支原體攜帶者，沒有癥狀和體征，以解脲支原體最為突出。支原體感染易引起泌尿道、生殖道的炎癥，如尿道炎、陰道炎、宮頸炎、子宮內膜炎、盆腔炎等，嚴重者可引起孕婦感染，引起胎膜早破、早產、胎兒低體重出生。女性感染部位常在宮頸，侵襲陰道，導致支原體陰道炎多無明顯不適，少數重癥病人有陰道下墜感。當感染擴散至尿道時會出現(xiàn)尿頻、尿急，感染局限在子宮頸時，表現(xiàn)為白帶增多、渾濁，子宮頸水腫、充血或表面糜爛，感染擴散至尿道時，可以表現(xiàn)為尿道口潮紅、充血，擠壓尿道有少量的分泌物溢出，男性感染還可以影響精子活動。
肺炎支原體感染引起的癥狀起病緩慢，潛伏期為2-3周，病初有全身不適、乏力、頭痛等癥狀，2-3天后出現(xiàn)發(fā)熱，體溫常達39℃，可持續(xù)1-3周，可伴有咽痛、肌肉酸痛。咳嗽為本病的突出的癥狀，一般于病后2-3天開始，初為干咳，后轉為頑固性劇咳，常有黏液痰、偶帶血絲，少數病例可類似百日咳樣陣咳，持續(xù)1-4周。