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食管癌的普查方法主要是食管脫落細胞學檢查和食管鏡檢查，其中食管脫落細胞學檢查比較簡便且安全，病人的痛苦也比較少，其準確率可以達到90%以上。如果食管脫落細胞學檢查結合食管鏡檢查，就可以作為食管癌診斷的依據，通過食管的脫落細胞檢查可能會篩查出一些早期食管癌。此種食管脫落細胞檢查，主要缺點是脫落細胞采集器無法通過重度狹窄和梗阻的食管，而脫落細胞學檢查也難以對食管癌細胞進行準確分級。
當食管癌病變有出血或出血傾向，甚至是伴有食管靜脈曲張時，禁忌做食管拉網細胞學檢查，該方法也不適合用在食管癌有深的潰瘍，或者伴有嚴重高血壓、心臟病和晚期妊娠的病人。臨床上已經伴有食管癌相應的梗阻癥狀，或者是高度懷疑患有食管癌時，建議進行食管鏡檢查，能夠通過食管鏡取組織進一步做病理檢查明確診斷。