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消化性潰瘍的主要病因是幽門螺桿菌和非甾體類抗炎藥。其中最常見的是幽門螺桿菌感染。在十二指腸潰瘍里面，幽門螺桿菌感染的檢出率為90%。胃潰瘍幽門螺桿菌感染的檢出率為70%-80%。成功地根除幽門螺桿菌可以提高潰瘍的治愈率，從而大大的減低潰瘍的復(fù)發(fā)率。另外服用非甾體類抗炎藥，也是引起消化性潰瘍的主要的原因。常見的非甾體類抗炎藥是阿司匹林、吲哚美辛等會引起胃黏膜糜爛、出血、潰瘍、穿孔等等。潰瘍的形成及其并發(fā)癥發(fā)生的危險性，與服用非甾體類抗炎藥的種類、劑量、療程有關(guān)。而且同時服用抗凝血藥、糖皮質(zhì)激素等因素也有重大的關(guān)系。另外還有次要的病因，像吸煙、飲酒、遺傳、急性應(yīng)激等也會引起消化性潰瘍。